Το Μουσείο του Προεδρικού Μεγάρου φιλοξενείται στον 2ο όροφο και περιλαμβάνει αντικείμενα που προσφέρθηκαν στην Πρόεδρο της Ελληνικής Δημοκρατίας και τελούν υπό την διαχείριση της Προεδρίας της Δημοκρατίας.

Ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει περίτεχνα εκθέματα με εθνική, ιστορική ή καλλιτεχνική αξία που δώρισαν στην Πρόεδρο ηγέτες και πρέσβεις ξένων κρατών, στρατιωτικοί σχηματισμοί των Ενόπλων Δυνάμεων, θρησκευτικές, δημοτικές και πρυτανικές αρχές, πολιτιστικοί σύλλογοι και σωματεία.

Πολλά από αυτά ενσωματώνουν ιστορικά, πολιτισμικά και θρησκευτικά στοιχεία ενός κράτους, ενός τόπου ή μιας περιοχής και μεταδίδουν πληροφορίες για την ταυτότητα του δωρητή, σε σχέση πάντα με το ύπατο αξίωμα της Ελληνικής Πολιτείας.

Το Μουσείο του Προεδρικού Μεγάρου εγκαινιάσθηκε και λειτουργεί από τον Φεβρουάριο του 2023.